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博士后工作站介绍

     2010年,上海生物信息技术研究中心与上海众信生物技术有限公司联合,设立上海市浦东新区企业博士后科研工作分站,上级管理部门为上海市浦东新区企业博士后科研工作站,此后六年间,坚持积极开展博士后研究人员的招收和培养工作,为上海乃至全国生物信息产业发展输送了一批输送了一批知识扎实,技术高层次的专业人才。

      2010年至今,中心与众信公司通过多种方式培养人才,每年通过博士后工作站引进博士后1-2名。博士后工作站在2014年新进站1名博士后人员,2015年新进站2名博士后人员,2015年1名博士后出站,目前共有6名博士后在站,截至年底还将继续引进2-3名博士后。博士后工作站联合培养单位有中科院上海生科院、复旦大学、清华大学等。博士后人员有海外引进的博士,也有应届或是历届博士生,毕业于上海中医药大学、同济大学、交通大学等。

      博士后作为科研团队的中坚力量,参与到了上海生物信息技术研究中心国家重大专项、973、863、科技基础性工作专项、国家科技合作项目专项、卫生行业科研专项经费项目、国家自然科学基金项目、上海市浦江人才计划、上海市自然科学基金等各项科研项目研究,比如中医门诊信息报告系统研究项目、中医药转化生物信息分析技术平台与应用项目、蛋白质芯片数据后期生物信息分析平台建立项目、基于多平台异质数据整合及靶基因特异性的siRNA设计算法研究等等。

      博士后团队自2012年起参与863“生物信息技术共享、转化研究平台建设”项目,聚焦生物信息科学数据汇交与共享,集中力量建设支撑生命科学和生物医药研发的科学数据共享技术基础,致力于实现“国家级生物科学数据存储、管理和共享的生物学数据体系和技术支撑平台”。贯穿“数据-信息-知识”的共享转化体系的各个环节,为基础和应用研究提供专业数据和技术服务的共享转化平台,实现数据收集到信息的转化工作。以数据整合技术为手段,构建高通量实验数据与文献数据的综合生物信息知识环境,实现信息到知识的转化工作。在健康相关的个体基因组、群体基因组和个性化医疗领域进行综合应用,提供专业的海量高通量个体化医疗信息搜索资源。另外,集成项目产出的技术成果,已开始研发针对生物医学高通量数据处理的专用计算机软硬件系统。

      博士后团队还参与了2014年新立项的863“微生物组学数据集成及分析的关键技术研发”项目,将微生物群落研究纳入数据库和知识挖掘体系中,建成不同环境中的微生物群落元基因组数据库,并集成微生物群落组成结构分析、微生物相互作用网络分析等的元基因组分析方法。同时,通过整合单细胞测序技术和微生物群落组学分析,将微生物群落研究推进到一个新的水平。课题通过引入GPU及云计算等最新的计算机科学技术,创建微生物组学海量大数据的快速处理分析系统,为突破海量组学数据的存储和分析处理的瓶颈奠定技术基础。

      博士后团队也参与了到了去年已结题的数个上海市及国家的项目中。1.上海市自然科学基金“基于基因转录调控网络的药物组合功能预测”,发展出一套能够跨物种跨平台地整合不同实验中的动物疾病模型转录组数据和药物干扰的转录组数据的方法,并从这些疾病和药物分子的关联中挖掘出已知小分子的未知的功能;另一方面,这一方法在实际应用中有效地挖掘出了糖尿病新药候选分子的作用靶点和机理,挖掘出多成分多靶点的中药复方“扶正化瘀胶囊”的多靶点作用机理,而且发现其新的功能。2. 上海浦江人才计划项目“癌症突变蛋白质生物网络构建与系统生物学分析”,完成了原核生物高精度MS/MS数据对基因组蛋白质编码基因的补充和修订,构建了包括所有现有蛋白质、开放阅读框及潜在可变剪切的人类蛋白质综合数据库,真核生物高精度MS/MS数据对基因组蛋白质编码基因的补充和修订,人高精度MS/MS数据对肺癌中融合蛋白质的鉴定和编码基因的解析,人高精度MS/MS数据对基因组中从头预测的新基因以及长非编码RNA的验证,人高精度MS/MS数据与RNA-Seq数据整合分析肿瘤细胞基因组各种突变和结构变异及其在蛋白质水平的改变情况,人基因组新转录本预测及高精度MS/MS数据验证。3.国家重点基础研究发展计划项目课题“高精度MS/MS数据对基因组蛋白质编码基因的补充和修订”,完成了人类癌症蛋白质组变异数据库优化更新与致病性评估,基于生物网络的癌症基因系统鉴定方法研究,外源性基因/蛋白过敏性评估预测方法。其中关于外源性基因、蛋白质过敏性分析的研究将为我国转基因生物安全的重要问题提供评估依据,具有重要社会价值。

      通过这些项目的研究,博士后在基因组学、蛋白质组学、癌症相关基因、生物信息技术共享等方面开展了大量的工作,积累了宝贵的经验,也获得了不少高质量的科研成果产出。

      在科研论文方面,博士后研究团队参与了对不同海拔生存的狗群体基因组进行系统的比较分析发现了狗的高原适应机制的项目中,该研究成果“Whole genome sequencing of six dog breeds from continuous altitudes reveals adaption to high-altitude hypoxia”2014年在线刊登在了国际基因组研究的权威杂志Genome Research上。为研究狗适应高海拔低氧环境的遗传机制,研究组沿青藏高原的茶马古道采集了六种品系的狗共计60个样本。采用全基因组深度测序的方法,总数据量达到6.75T,这是迄今最大的狗重测序项目。这也是第一次揭示藏獒这种世界上最古老和最凶猛的狗的遗传多态性。公司博士后研究团队对这些数据进行了分析,发现其中包含的基因如EPAS1和HBB,在人类或其他动物中都与高原低氧的适应性有关。特别是,研究组在高海拔狗的EPAS1基因中发现了四个全新的氨基酸突变,其中一个发生在PAS结构域的一个高度保守的位点上。研究组在更大的样本上验证了这个突变,并通过与生理指标的关联分析表明它与血流阻力的降低有关。有趣的是,EPAS1也与藏族人群的高原适应性有关,但是人类中却没有鉴定到EPAS1的编码区突变。这些结果表明,高原狗与高原人群在低氧适应方面存在协同进化,同时也为研究EPAS1在这一适应过程中的作用提供了新的启示。

      中心与众信公司一直力求为博士后提供更好的发展空间和环境,让他们在上海市乃至国家层面的科研项目中不断实践、磨练自己的专业知识,提升自己的专业技能;同时公司也一如既往重视国际国内学术交流,在条件允许的情况下,让博士后人员能有出国学习交流的机会,同时也积极邀请国外相关领域的教授和研究人员来进行会议和学术交流,学习国外前沿技术,拓宽科研思路。未来博士后工作站将继续大力推动公司与外部资源的合作共赢,建立灵活的激励机制,加强自身能力建设,落实科学民主决策,保证工作站发展的成功和长效。