无标题文档
ÎÞ±êÌâÎĵµ
  
首页 >> 中心科研团队 >>
郝沛博士介绍(PI)

 

生物信息技术软件应用研发实验室 

    本实验室旨在将国际最先进的计算机产品及技术与生物信息学研究相结合,研究开发各类生物信息数据分析应用软件以及研发集成数据、应用与服务为一体的生物信息学数据分析平台,为各类生物研究提供生物信息学数据分析支持以及提供生物信息数据整合分析方案。实验室目前的主要研究内容包括:整合各类通用工具来集成不同的数据库、软件、web services、应用程序,以中心法则为主线建立一系列组学数据分析工作流以及将这些工作流整合成为工作流集成平台OmicsExplorer的构建;实验室信息管理系统(LIMS)的研发;生物信息学和化学信息学相接合的数据分析方法以及相关算法、应用软件的研发;将生物信息技术和高性能计算技术交叉融合建立生物信息高性能计算平台的研发。同时实验室也直接参与了一些科研项目,目前参与了乳酸菌比较基因组项目、SARS病毒进化研究分析以及微生物生态学活性污泥元基因组数据分析。

课题组长:郝沛,毕业于复旦大学生物信息学专业。

【工作经历
2006-目前 上海生物信息技术研究中心 研究员/课题组长
从事生物信息学研究和数据挖掘应用工具的研发
开发了HBV耐药性检测算法和软件平台
建立了传染性病原体检测平台,包括PCR产物测序分析系统、qPCR分析系统、高通量测序病毒检测分析系统等等
开发了病毒保守区鉴定算法,并对19种呼吸道病毒进行了保守性评估,用于病毒检测芯片设计和数据分析平台的建立
建立了全国HBV监测的应用网络系统

2012-
目前 中科院上海巴斯德研究所 研究员  负责巴斯德所生物信息支撑平台

2008-2011
中科院系统生物学重点实验室 副研究员
从事生物信息学/系统生物学研究和数据分析挖掘算法的研发
研发了基于Gene Ontology模块的芯片表达谱数据meta-analysis的方法
首先提出了转录组水平的基因表达敏感度概念 并开发了计算分析方法
建立了疾病表达谱和小分子刺激表达谱反向比较的理论和方法
构建了高通量测序数据,包括未知病毒数据 的分析流程和平台
获中国科学院卢嘉锡青年人才奖和上海生科院赛诺菲-安万特奖


2003-2006
上海生物信息技术研究中心 SCBIT-IBM-Inforsense联合实验室主任
负责组学数据分析工作流研究和基因组数据分析平台的构建
赴英国负责上海生物信息技术研究中心和英国Inforsense公司的联合实验室成立
组织开发了生物信息学数据挖掘相关插件,如整合Emboss, RSRS等插件
建立了组学数据挖掘分析的生物信息学流程:注释、比较基因组、文本挖掘等等
承担了国家863目标导向项目,负责构建了在线生物信息组学挖掘平台omicsExplorer

2000-2007
中科院上海生科院 生命信息中心生物信息平台研究工程师
基因组信息分析平台建设和病毒进化研究
开发了基因组注释系统并应用在水稻第四号染色体注释分析上,做为共同第一作者发表了《Nature》上的水稻第四号染色体的论文
开发了蛋白质组学注释平台
参与了中国SARS病毒研究小组的研究工作,负责生物信息数据分析相关工作;做为共同第一作者发表了《Science》上的关于SARS进化的论文;做为共同第一作者,分别发表了《PNAS》、《JBC》等国际知名杂志的SARS病毒研究的论文多篇
获得上海市青年科技启明星和上海市自然科技一等奖

1997-2000
中科院上海分院网络信息中心 软件工程师
从事科研管理软件系统的研究和开发
中科院信息管理系统(MIS)财务子系统的研发
台湾华翰软件公司生产管理系统、财务、进销软件的研发

【学历

1997年 获上海交通大学电子工程学士学位
2008
年 获复旦大学生物信息学博士学位

【获得奖项】

2004    获上海市青年科技启明星
2005  
获上海市自然科学一等奖
2009  
获中国科学院卢嘉锡青年人才奖

2009    获中科院上海生科院赛诺菲-安万特奖

【科研项目】
国家重点基础研究发展计划和重大科学研究计划项目(973):儿童孤独症的遗传基础及其致病机制研究(孤独症的分子网络研究及分析平台构建)(2012CB517905)时间:2012-1-12016-12-31 (子课题负责人) 150万,在研。
国家自然科学基金:基于转录组数据的保守/活跃基因功能表征分析(30800210)时间:2009-1-12011-12-1 (项目负责人) 20万,结题。
中国科学院上海生命科学研究院优秀青年人才领域前沿项目:诱导多功能干细胞基因调控网络的研究(2009KIP211)时间:2009.092011.08(项目负责人)21万,结题。
科技部863计划:生物信息学数据分析工作流集成平台OmicsExplorer构建(2007AA02Z330) 时间:2007-6-12010-11-30 (项目负责人)  262万,结题。
上海市科委(基础处重点):基因相互关系网络算法的研究及在微生物种群系统发育学研究中的应用(07JC14048)时间:2007-12-12009-11-30 20万,结题。
上海市启明星项目:流行性病毒基因组、蛋白质组的进化分析(04QMX1461  时间:20042007

【主要论文】
Wang YJ, Wang JF*, Ping J, Yu Y, Wang Y, Lian P, Li X, Li YX, Hao P*. Computational studies on the substrate interactions of influenza A virus PB2 subunit. PLoS One. 2012;7(9):e44079. doi: 10.1371/journal.pone.0044079. Epub 2012 Sep 5. PMID: 22957044
Yu S, Guo Z, Guan Y, Lu YY, Hao P, Li Y, Su SB*. Combining ZHENG Theory and High-Throughput Expression Data to Predict New Effects of Chinese Herbal Formulae. Evid Based Complement Alternat Med. 2012;2012:986427. Epub 2012 May 14. PMID: 22666299 [PubMed] 
Ping J, Wang YJ, Wang JF, Li X, Li YX, Hao P*. Negatively cooperative binding properties of human cytochrome P450 2E1 with monocyclic substrates. Curr Drug Metab. 2012 Sep 1;13(7):1024-31. PMID: 22591346 
 Shuhao Yu, Lulu Zheng, Yun Li, Chunyan Li, Chenchen Ma Yixue Li, Xuan Li* and Pei Hao*. A cross-species analysis method to analyze animal models' similarity to human's disease state. BMC Systems Biology 2012, 6(Suppl 3):S18 doi:10.1186/1752-0509-6-S3-S18
Wang YJ, Wang JF, Ping J, Yu Y, Wang Y, Lian P, Li X, Li YX, Hao P
*. Computational Studies on the Substrate Interactions of Influenza A Virus PB2 Subunit. PLoS One. 2012;7(9):e44079. Epub 2012 Sep 5. (*通讯作者)
Zheng LL, Li YX, Ding J, Guo XK, Feng KY, Wang YJ, Hu LL, Cai YD
*, Hao P*, Chou KC. A comparison of computational methods for identifying virulence factors.  PLoS One. 2012;7(8):e42517. Epub 2012 Aug 3. (*通讯作者)
Ping J, Wang YJ, Wang JF, Li X, Li YX, Hao P
*.  Negatively Cooperative Binding Properties of Human Cytochrome P450 2E1 with Monocyclic Substrates. Curr Drug Metab. 2012 Sep 1;13(7):1024-31. (*通讯作者)
Zhao QY, Wang Y, Kong YM, Luo D, Li X
*, Hao P*. Optimizing de novo transcriptome assembly from short-read RNA-Seq data: a comparative study. BMC Bioinformatics. 2011 Dec 14;12 Suppl 14:S2. (*通讯作者)
Hao P, Zheng H, Yu Y, Ding G, Gu W, Chen S, Yu Z, Ren S, Oda M, Konno T, Wang S, Li X, Ji ZS, Zhao G. Complete Sequencing and Pan-Genomic Analysis of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Reveal Its Genetic Basis for Industrial Yogurt Production. PLoS One. 2011 Jan 17;6(1):e15964.
Xu T, Ping J, Yu Y, Yu F, Yu Y, Hao P*, Li X*. Revealing parasite influence in metabolic pathways in Apicomplexa infected patients. BMC Bioinformatics. 2010 Dec 14;11 Suppl 11:S13. (*通讯作者)
Yu Y, Xu T, Yu Y, Hao P*, Li X*. Association of tissue lineage and gene expression: conservatively and differentially expressed genes define common and special functions of tissues. BMC Bioinformatics. 2010 Dec 14;11 Suppl 11:S1. (*通讯作者)
Yu Y, Ping J, Chen H, Jiao L, Zheng S, Han ZG, Hao P
*, Huang J*. A comparative analysis of liver transcriptome suggests divergent liver function among human, mouse and rat. Genomics. 2010 Nov;96(5):281-9. Epub 2010 Aug 26. (*通讯作者)
Huang J, Hao P, Chen H, Hu W, Yan Q, Liu F, Han ZG. Genome-wide identification of Schistosoma japonicum microRNAs using a deep-sequencing approach. PLoS One. 2009 Dec 8;4(12):e8206.PMID: 19997615.
Yu Y, Tu K, Zheng S, Li Y, Ding G, Ping J, Hao P
*, Li Y*. GEOGLE: context mining tool for the correlation between gene expression and the phenotypic distinction. BMC Bioinformatics. 2009 Aug 25;10:264. (*通讯作者)
Hao P, Zheng S, Ping J, Tu K, Gieger C, Wang-Sattler R, Zhong Y, Li Y. Human gene expression sensitivity according to large scale meta-analysis. BMC Bioinformatics. 2009 Jan 30;10 Suppl 1:S56.
Li Y
*, Hao P*, Zheng S, Tu K, Fan H, Zhu R, Ding G, Dong C, Wang C, Li X, Thiesen HJ, Chen YE, Jiang H, Liu L, Li Y. Gene Expression Module based Chemical Function Similarity Search. Nucleic Acids Res. 2008 Nov;36(20):e137. Epub 2008 Oct 8. *并列第一作者)
Hao P, Yu Y, Zhang X, Tu K, Fan H, Zhong Y. The contribution of cis-regulatory elements to head-to-head gene pairs' co-expression pattern. Sci China C Life Sci. 2009 Jan;52(1):74-9. Epub 2009 Jan 19.
Zheng S, Sheng J, Wang C, Wang X, Yu Y, Li Y, Michie A, Dai J, Zhong Y, Hao P
*, Liu L*, Li Y*. Bioinformatics. 2008 Oct 15;24(20):2412-3. Epub 2008 Aug 12. (*通讯作者)
Huang J
*, Hao P*, Zhang YL, Deng FX, Deng Q, Hong Y, Wang XW, Wang Y, Li TT, Zhang XG, Li YX, Yang PY, Wang HY, Han ZG. Discovering multiple transcripts of human hepatocytes using massively parallel signature sequencing (MPSS). BMC Genomics. 2007 Jul 2;8:207. (*并列第一作者)
Hao P, Chen M, Zhang GQ, He WZ and Li YX. Bioinformatics Research on the SARS Coronavirus (SARS_CoV) in China. Curr Pharm Des. 2006;12(35):4565-72.
Hao P, He WZ, Huang Y, Ma LX, Xu Y, Xi H, Wang C, Liu BS, Wang JM, Li YX, Zhong Y. MPSS: an integrated database system for surveying a set of proteins. Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):2142-3. 
Qu XX
*, Hao P*, Song XJ, Jiang SM, Liu YX, Wang PG, Rao X, Song HD, Wang SY, Zuo Y, Zheng AH, Luo M, Wang HL, Deng F, Wang HZ, Hu ZH, Ding MX, Zhao GP, Deng H.. Identification of two critical amino acid residues of the SARS coronavirus spike protein for its variation in zoonotic tropism transition via a double-substitution strategy. J Biol Chem. 2005 Jun 24; (*并列第一作者)
Bian C, Zhang X, Cai X, Zhang L, Chen Z, Zha Y, Xu Y, Xu K, Lu W, Yan L, Yuan J, Feng J, Hao P, Wang Q, Zhao G, Liu G, Zhu X, Shen H, Zheng B, Shen B, Sun B. Conserved amino acids W423 and N424 in receptor-binding domain of SARS-CoV are potential targets for therapeutic monoclonal antibody. Virology. 2009 Jan 5;383(1):39-46. Epub 2008 Nov 4.
Chinese SARS Molecular Epidemiology Consortium. Molecular evolution of the SARS coronavirus during the course of the SARS epidemic in China. Science. 2004 Mar 12;303(5664):1666-9. (
*并列第一作者)
Song HD
*, .. Hao P*, etc al. Cross-host evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus in palm civet and human. Proc Natl Acad Sci USA. 2005 Feb 15;102(7):2430-5.*并列第一作者)
Wang-Sattler R, Yu Y, Mittelstrass K, Lattka E, Altmaier E, Gieger C, Ladwig KH, Dahmen N, Weinberger KM, Hao P, Liu L, Li Y, Wichmann HE, Adamski J, Suhre K, Illig T. Metabolic profiling reveals distinct variations linked to nicotine consumption in humans--first results from the KORA study. PLoS One. 2008;3(12):e3863. Epub 2008 Dec 5.
Ren W, Li W, Yu M, Hao P, Zhang Y, Zhou P, Zhang S, Zhao G, Zhong Y, Wang S, Wang LF, Shi Z. Full-length genome sequences of two SARS-like coronaviruses in horseshoe bats and genetic variation analysis. J Gen Virol. 2006 Nov;87(Pt 11):3355-9.
Zhang Y, Zheng N, Hao P, Cao Y, Zhong Y. A molecular docking model of SARS-CoV S1 protein in complex with its receptor, human ACE2. Comput Biol Chem. 2005 Jun;29(3):254-7.
Feng Q*, HaoP*, etc al. Sequence and analysis of rice chromosome 4. Nature. 2002 Nov 21;420(6913):316-20. (*并列第一作者)
Qian W, Jia Y, Ren SX, He YQ, Feng JX, Lu LF, Sun Q, Ying G, Tang DJ, Tang H, Wu W, Hao P, Wang L, etc. al. Comparative and functional genomic analyses of the pathogenicity of phytopathogen Xanthomonas campestris pv. campestris. Genome Res. 2005 Jun;15(6):757-67