上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写SSBI）成立于2005年6月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体。现有单位会员超过6家，并已经吸收了100多位个人会员，学会接受主管单位上海市科学技术协会的业务指导和上海市社会团体管理局的监督管理。

  上海市生物信息学会是由拥护中国共产党领导的从事生物信息技术发展的科研、教学、生产和管理人员自愿组成的学术性的非营利性群众团体，经上海市社会团体管理局核准登记，并取得社会团体法人资格，理事长是学会的法定代表人。学会的宗旨是：遵守国家宪法、法律、法规和国家政策，遵守社会道德风尚。坚持辩证唯物主义和实事求是的科学态度，认真贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针，积极地开展国内外学术上的交流和自由讨论。提倡献身、创新、求实和协作的精神，团结广大生物信息学工作者，为促进科学技术的繁荣和发展、科学知识的普及和推广、科技人才的成长和提高，以及加速实现我国的社会主义现代化做出贡献。学会的业务范围是：开展学术交流、促进教学创新、推动科学普及、提供业务咨询和技术培训。