2008年5月，欧洲生物信息研究所（EBI）和上海生物信息技术研究中心（SCBIT）将在上海联合举办一场为期3天的EBI数据资源应用讲座，本次讲座是EBI在中国举办的首次推广活动，对有兴趣的科研人员免费开放。本次讲座的内容包括EBI的基因组、蛋白组和文献数据资源的介绍、使用方法以及基于EBI提供的API的开发，讲座详情请参阅“会议安排”。SCBIT负责组织此次讲座，我们现在开始接受报名。 一、讲座时间：2008年5月14日－16日 二、讲座地点：同济大学午餐自行解决 三、主办单位：上海生物信息技术研究中心（SCBIT）欧洲生物信息研究所（EBI） 四、主讲人：Weimin Zhu: Team Leader, Head of Database Research & DevelopmentYixue Li: Director of Shanghai Center for Bioinformation TechnologyPeter Stoehr: Team Leader, Head of Literature ServicesXose Fernandez: Coordinator, PANDA Group OutreachIan Longden: Software Engineer, PANDA五、听众背景知识：由于此次培训是技术型培训，为了保证这次培训的效果，我们假定用户具有如下的背景知识：（1）2008年5月15日的听众要求：在实验室中做具体研究，并需要利用Ensemble网站获取核酸、蛋白或其它数据的科研人员；（2）2008年5月16日的听众要求：想利用Ensembl更强大的数据功能的生物信息程序开发人员。需要具备技能：Perl，面向对象程序开发，最好有一些MySQL的知识。 六、讲座安排： Day 1 （5/14）：- Weimin Zhu：General EBI introduction and the new era of China-EBI collaborations- Li Yixue：SCBIT data resources and services- Xose Fernandez：Computational Biology: An update (a data resource introduction on PANDA* databases)- Peter Stoehr：EBI Literature resource and CiteXplore- Xose Fernandez：PANDA Genomics（EMBL archive, Reactome, ChEBI etc）.- Xose Fernandez：PANDA Proteomics（UniprotKB, Pride/proteomics services, InterPro） Day 2 （5/15）：Xose Fernandez- Introduction to Ensembl- Worked example: guided tour of the most important pages of the Ensembl website- Data mining with BioMart: retrieving datasets using the data mining tool BioMart- Variation in Ensembl: SNPs, haplotypes, re-sequencing genomes, linkage disequilibrium- Evaluating genes and transcripts: how are Ensembl gene and transcripts predictions made? 本日讲座针对的听众是在实验室中做具体研究，并需要利用Ensemble网站获取数据的科研人员，每个讲座之后还有给听众的练习时间。 Day 3 （5/16）：Xose Fernandez，Ian Longden- Ensembl core database schema- Ensembl core application programme interfaces (APIs) design and its most important objects and methods- Practical Perl scripting session to use APIs and database本日讲座针对的听众是想利用Ensembl更强大的数据功能的生物信息程序开发人员。需要听众具备如下技能：Perl，面向对象程序开发，最好有一些MySQL的知识。同时，对于前两天的讲座有更多疑问的听众，也可以在今天专门划出的QA时段提出问题。 备注： 1、此次讲座完全免费； 2、联系人：冯艳（54065011）
|
