一、专利：

1．      确定差异表达基因的混合线性模型两步筛选法(专利申请号：200410089205.8)

2．      中药药效物质机理的生物信息分析平台及其分析方法(专利申请号：200710170732.5)

3．      基于数据库技术的确定中药主要有效成份的方法(专利申请号：200710170730.6)

4．      一种异构临床医疗信息共享系统和方法(专利申请号：200810203721.7)

5．      RNA和DNA双外参实时定量荧光PCR检测方法及其应用（专利申请号：200910049306.5）

6．      检测人乳头瘤病毒的检测试剂盒及其制备和使用（专利申请号： 200910049555.4）

二、软件著作权：

1．      基于质谱数据的蛋白质组学数据挖掘系统（著作权登记号2004SR03280）

2．      可重用的基因组可视化软件（著作权登记号2004SR06099）

3．      可配置全自动文本数据下载驱动软件（著作权登记号2004SR08174）

4．      EST分析及可视化平台FESTIVA（著作权登记号2005SR08048）

5．      微生物基因组注释系统SMIGA（著作权登记号2005SR08049）

6．      基因组信息可视化系统FeatureVista（著作权登记号2005SR08050）

7．      O端糖基化预测软件GLYC（著作权登记号2005SR08051）

8．      跨膜蛋白拓扑预测软件TMPP（著作权登记号2005SR08052）

9．      电子克隆专家系统BioEClone（著作权登记号2005SR08053）

10．  疾病遗传信息数据库DGIP（著作权登记号2005SR08054）

11．  中国核酸序列数据库CDNAP（著作权登记号2005SR10792）

12．  蛋白质结构域间及与生物分子相互作用数据库DDIB（著作权登记号2005SR10793）

13．  多蛋白信息查询系统MPSS（著作权登记号2005SR10794）

14．  基因电路稳定性研究系统CircuitsExplorer（著作权登记号2005SR13024）

15．  基因芯片数据存储软件ArrayStore（著作权登记号2005SR14236）

16． 生命科学数据中心数据汇交系统软件（著作权登记号2006SR05463）

17． Intergrated Source of Human Interaction Proteins(著作权登记号2006SR05464)

18． Human Brain Protein Database软件（著作权登记号2007SR01101）

19． Clindata Express临床信息管理系统（著作权登记号2008SR21272）

20． 骨科疾病问诊频道系统（著作权登记号2008SR24436）

21． SNP分型数据管理软件（著作权登记号 2008SR24437）

22． 病原体鉴定系统（著作权登记号2008SR24438）

23． 标本库管理系统（著作权登记号2008SR24439）

24． 多蛋白状态检索系统（著作权登记号2008SR37991）

25． Excel to Arff Converter软件 (著作权登记号2009SR014908)

26． GEMS2小分子功能相似性搜索平台软件（著作权登记号2009SR014909）

27． 电子病历智能校验辅助系统软件（著作权登记号2009SR022800）

28． HBV_TYPE乙肝分型耐药检测工具软件（著作权登记号2009SR022801）

29． 医院信息综合查询系统软件（著作权登记号2009SR029517）

30． GELLO语言解释器软件（著作权登记号2009SR029519）

31． SysQuant蛋白质定量分析软件（著作权登记号2009SR034181）

32． SRA数据汇交与服务系统（著作权登记号2009SR034854）

33． TRACE数据汇交与服务系统（著作权登记号2009SR034855）

34． 物种分类数据库软件（著作权登记号2009SR034860）

35． GEO数据汇交与服务系统（著作权登记号2009SR034862）

36． 遗传性大肠癌家系数据库系统（著作权登记号2009SR035424）

37． 脊椎动物头对头基因对数据库软件（著作权登记号2009SR041122）

38． 引物数据汇交与服务系统（著作权登记号2009SR041126）

39． 蛋白质二级结构构象参数数据汇交与服务系统（著作权登记号2009SR043985）

40． 禽流感专题数据库软件（著作权登记号2009SR043987）

41． 蛋白质数据汇交与服务系统软件（著作权登记号2009SR048212）

42． 转录组和蛋白质组关联比较分析工具软件（著作权登记号2009SR049302）

43． 肝肿瘤外科手术记录信息的抽取与检索系统（著作权登记号2009SR052624）

44． 蛋白质回环分类数据库系统（著作权登记号2009SR054148）

45． 遗传疾病数据库系统（著作权登记号2009SR054149）

46． 艾滋病病毒数据库系统（著作权登记号2009SR054190）

47． 基因文库数据库系统（著作权登记号2009SR054196）

48． 生物医学文档标注服务系统（著作权登记号2009SR054292）

49． 药物咨询系统软件（著作权登记号2009SR058691）(著作权人：上海生物信息技术研究中心，复旦大学)

50． 生物信息学解决方案分析流程构建平台（Applied Bioinformatics Solution workflow flatform）（著作权登记号2010SR002177）

51． 基因突变数据库系统（著作权登记号2010SR002666)

52． 肝炎病毒数据库系统（著作权登记号2010SR002684）

53． 专题数据库系统（著作权登记号2010SR002686SARS）

54． 放射杂交服务系统（著作权登记号2010SR002688）

55． 钩端螺旋体数据库系统（著作权登记号2010SR002700）

56． 蛋白质功能位点数据库系统（著作权登记号2010SR002751）

57． GEOGLE芯片数据库挖掘平台软件（著作权登记号2010SR003535）

58． 生物信息科学数据在线资源索引系统（著作权登记号2010SR018421）

59． 用户管理服务系统（著作权登记号2010SR018423）

60． 数据监控服务系统（著作权登记号2010SR018424）

61． 生物医学实验室资源索引系统（著作权登记号2010SR018426）