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李亦学教授(中心主任)

 

李亦学     李亦学研究员,教授,博士生导师。现任上海生物信息技术研究中心主任;中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所生物医学大数据中心主任;上海市生物信息学会理事长;上海药物转化工程技术研究中心主任;中科院“十一五”信息化专家组专家;国家高技术发展计划(863计划)生物医药技术领域专家组专家。主要从事生物信息学技术基础理论研究与应用、生物信息数据共享平台建设,系统生物学研究等。
       李亦学在生物信息学领域的多个方面取得系统性和原创性成果,发表SCI论文195篇,CSCD 收录11篇,含(共同)通讯作者论文145篇,他引4834 次。影响因子996.75。作为副主编编写卫生部7-8 年制临床医学专业教材《生物信息学》一部,主译《理解生物信息学》英文专著一部,获专利4项,软件著作权25 项。
        李亦学与国际同行建立了广泛合作关系,特别是和韩、日生物信息学中心(KOBIC,DDBJ)合办了13届中日韩生物信息学年度培训班,受邀担任IBW和GIW两个国际会议的指导委员会成员,被日、韩、新、印、澳、新西兰、港台地区的生物信息学联合会推举为2010年轮值主席,应邀担任BMC Bioinfor、J Integrated Omics副主编。

主要研究工作:

      在代谢组学的理论计算研究中提出了基于涨落谱分析的生化代谢网络重构与动态行为模拟的新方法,成功地应用于心肌缺血以及C3植物光合作用等生化代谢通路的研究。
      在蛋白质组生物信息学研究上取得重要成果。提出了基于泊松距离研究蛋白质翻译后修饰的功能重要性的进化分析方法,阐明蛋白质修饰的发生并不保证其有确定的生物学功能,建立了筛选功能性修饰位点的方法。
      在转录组和基因调控网络研究上取得重要成果。发展了人类基因组的基因可变剪切模式的统计识别方法,研究肿瘤的发生和发展与特异性的基因可变剪切模式之间的关系;建立了双向启动子统计识别和表观遗传级联调控网络分析方法。
      在疾病基因组学研究方面取得重要成果。绘制了骆驼基因组草图,发现了与糖尿病发生发展相关的快速进化的基因簇和可能的抗代谢综合症的基因模块。成果发表在Nature系列期刊上。
      此外他通过建立统计数学模型精确计算并发现了病毒株之间的DNA序列变异与疾病爆发和流行之间的关系,为我国首篇Science关于SARS研究论文发表提供了生物信息学的关键支撑。

主要研究论文:

1. Gou X, Wang Z, Li N, Qiu F, Xu Z, Yan D, Yang S, Jia J, Kong X, Wei Z, Lu S,Lian L, Wu C, Wang X, Li G, Ma T, Jiang Q, Zhao X, Yang J, Liu B, Wei D, Li H,Yang J, Yan Y, Zhao G, Dong X, Li M, Deng W, Leng J, Wei C, Wang C, Mao H, Zhang H, Ding G, Li Yixue*. Whole-genome sequencing of six dog breeds from continuous altitudes reveals adaptation to high-altitude hypoxia. Genome Res., 24(8):1308-15(2014). (IF=13.852/5-Year-IF=14.927)

2. Cao Z, Yu Y, Wu Y, Hao P, Di Z, He Y, Chen Z, Yang W, Shen Z, He X, Sheng J,  Xu X, Pan B, Feng J, Yang X, Hong W, Zhao W, Li Z, Huang K, Li T, Kong Y, Liu H, Jiang D, Zhang B, Hu J, Hu Y, Wang B, Dai J, Yuan B, Feng Y, Huang W, Xing X, Zhao G, Li X, Li Yixue*, Li W*. The genome of Mesobuthus martensii reveals a unique adaptation model of arthropods. Nat Commun., 4:2602(2013). (IF=10.742/5-Year-IF=11.023)

3. Jirimutu,Zhen Wang,Guohui Ding,Gangliang Chen, Yamin Sun,Zhihong Sun, Heping Zhang, Lei Wang, Surong Hasi,Yan Zhang,Jianmei Li,Yixiang Shi, ZeXu,Chuan He,Siriguleng Yu, Shengdi Li,Wenbin Zhang,Mijiddorj Batmunkh,Batsukh Ts,Narenbatu,Unierhu,Shirzana Bat-Ireedui, Hongwei Gao,Banzragch Baysgalan,Qing Li,Zhiling Jia,Turigenbayila,Subudenggerile, Narenmanduhu, Zhaoxia Wang,Juan Wang,Lei Pan,Yongcan Chen,Yaichil Ganerdene,Dabxilt, Erdemt, Altansha, Altansukh, Tuya Liu,Minhui Cao,Aruunt, sever,Bayart,Hosblig,Fei He, A Zha-ti,Guangyong Zheng,Feng Qiu, Zikui Sun,Lele Zhao,Wenjing Zhao,Baohong Liu,Chao Li, Yunqin Chen,Xiaoyan Tang,Chunyan Guo,Wei Liu,Liang Ming,Temuulen, Aiying Cui, YiLi, Junhui Gao, Jing Li, Wurentaodi, Shen Niu, Tao Sun, Zhengxiao Zhai, Min Zhang, Chen Chen, Tunteg Baldan, Tuman Bayaer, Yixue Li*, He Meng, Genome sequences of wild and domestic bactrian camels, Nature Communications,3:1202 (2012). (IF=10.742/5-Year-IF=11.023)

4. Zhen Wang, Guohui Ding, Ludwig Geistlinger, Li Hong, Lei Liu, Rong Zeng*, Yoshio Tateno*, Yixue Li*. Evolution of protein phosphorylation for distinct functional modules in vertebrate genomes. Molecular Biology and Evolution, 28(3):1131-40 (2010). (IF=14.308/5-Year-IF=10.494)

5. Hong Li, Xiaobin Xing, Guohui Ding, Qingrun Li, Chuan Wang, Lu Xie, Rong Zeng*, Yixue Li*. SysPTM: A Systematic Resource for Proteomic Research on Post-translational Modifications. Molecular and Cellular Proteomics, 8(8):1839-49(2009). (IF=7.254/5-Year-IF=7.395)

6. Ruo-Yu Luo, Hai-Bin Wei, Lin Ye, Kankan Wang, Lei Liu, Yuan-YuanLi, Yi-Xue Li*and Yang Zhong*. Photosynthetic metabolism of C3 plants shows highly cooperative regulation to maintain function under changing environmental conditions: a systems biological analysis of robustness. Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 106 no. 3 847-852(2009). (IF=9.598/5-Year-IF=9.598)

7. Ruoyu Luo, Sha Liao, Guanyang Tao, Yuanyuan Li, Yixue Li* and Qingming Luo*. Dynamic analysis of optimality in myocardial energy metabolism under normal and ischemic conditions. Molecular Systems Biology, 2:2006.0031(2006). (IF=14.099/5-Year-IF=12.292)

8. Yuan-Yuan Li, Hui Yu, Zong-Ming Guo, Ting-Qing Guo, Kang Tu, Wei Lin, Yi-Xue Li*. Systematic analysis of head-to-head gene organization: evolutionary conservation and potential biological relevance. Plos Computational Biology, 2( 7), e74(2006). (IF=4.829/5-Year-IF=5.670)