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       上海生物信息技术研究中心成立于2002年,隶属于上海科学院,是由上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等11家科研单位,整合上海生物信息学主要研究力量投入1140万元资金,正式组建了上海生物信息技术研究中心(以下简称“中心”)。中心是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的,专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位,是上海市生物信息学会的依托单位。2006年成立博士后科研工作站。

       中心旨在开展和促进生物信息技术领域的原始性创新研究,建立具有广泛应用前景和国际先进水平的生物信息分析、数据挖掘和知识发现的技术体系,促进上海乃至全国生命科学、生物技术和生物医药产业的发展。

       中心的主要任务包括生物信息资源的收集和管理服务、生物信息学研究、技术开发、学术交流和人才培养等几个主要方面。中心要迅速建立起包括国际、国内主要生物信息资源数据库在内的整合的数据库体系并建立技术标准,建立起可操作的生物信息资源共享机制和国际、国内合作渠道;建立和不断完善基因组功能注释、生物芯片数据分析、蛋白质组数据分析、人类疾病、农作物抗逆和品质相关基因的高通量生物信息学筛选技术体系,形成相应的生物信息数据挖掘和技术开发能力,建立起生物信息学研究和应用人才的培训基地,为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术服务,为推动社会经济可持续发展做出贡献。


       中心成立以来,建立和发展了包括国际、国内主要生物信息资源数据库在内的整合的数据库体系并建立技术标准,建立了可操作的生物信息资源汇交平台,在上海科委的大力支持下建立了生物信息资源的共享机制,构建了技术支撑体系,以及国际、国内广泛的合作渠道;建立和不断完善了基因组功能注释、生物芯片数据分析、蛋白质组数据分析技术平台,建立了人类疾病、农作物抗逆和品质相关基因的高通量生物信息学筛选技术体系,并开展广泛的推广应用和技术合作,对上海市及其周边地区的生物医学信息技术研发,工业微生物发酵过程信息分析技术研发产生了积极的推动作用和支撑作用,形成了强大的生物信息数据挖掘和技术开发能力,建立起了生物信息学研究和应用人才的培训基地,形成了强大的可为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术服务的能力和重要的影响力,为推动我国社会经济可持续发展做出了应有的贡献。

       中心成立以来投入3000万元建设了强大的硬件基础设施,总计仪器设备542件(套),总CPU个数超过960核,存储超过1PB,拥有良好的网络通讯设施,最大100M的多条Internet网络接入,具有完备的防入侵、防病毒等网络安全设施。为上海及周边地区的生物、农业、医药、环境等生命科学与生物技术及相关领域的研究和应用提供高效、快速的生物信息资源和技术支撑服务。2009年“生物信息系统与数据挖掘方法及其在生物医药领域中的应用”获上海市自然科学奖二等奖;2014年“蛋白质功能特征的生物信息学系统研究”获上海市自然科学奖一等奖。

       优秀的人才队伍的建设,是中心一项长期坚持的措施。中心不断吸引各方高级人才加入到人才队伍中,同时也非常重视培养中心内部的人才。目前是一个有70余人组成的大家庭,由生物信息研发服务事业部、数据库开发与应用事业部、生物医学转化服务事业部、医学信息研发服务事业部、药物转化创新中心、上海药物转化工程技术研究中心、现代养老设计中心和综合办公室组成。课题组研究方向包括功能基因组学、系统生物学、应用医学、医学信息学、进化基因组学、计算化学、病原基因组学、生物医学转化。

       在科研创新方面,中心将科研重点放在功能基因组学、蛋白质组学、系统生物学、应用医学等生物信息学发展的最前沿,承担了大量的国家科研项目。截止至2016年12月,中心已结题项目共102项,其中国家级项目42项,上海市项目59项;目前,中心承担和参与的在研项目共18项,包括科技部“973”计划课题1项,科技部“863”计划课题4项,国家科技支撑计划2项,国家重点研发计划3项,国家科技合作项目专项2项,国家自然科学基金项目3项,以及上海市自然科学基金项目2项,上海市青年科技英才扬帆计划项目1项。2016年,中心拓宽基础科研领域,首次参与到了三个国家“精准医学研究”重点专项2016年第一批立项项目中。

       目前,中心已累计申请专利29项,获得专利10项;获得软件著作权129项;中心科研人员在国内外SCI收录的知名学术期刊上发表430余篇研究论文,包括Nature、Nature Genetics、Nature Biotechnology、Science、PNAS、MCP、Oncogene、JBC、JTB、Molecular Systems Biology、PLoS Computational Biology、Bioinformatics、BMC Bioinformatics等,总影响因子超过900。


       2011年以来,中心根据国家十二五规划,积极加强技术研发力量,在生物医学信息学系统、实验室信息管理系统、生命科学数据中心、组学信息分析系统开发的研发工作也取得了较大进展。中心还在生物医学信息学研发部门的基础上,大力开展和深化同中山医院、肿瘤医院、上海CDC,上海公共卫生中心,上海第九人民医院,复旦大学,新生源公司的科研合作,以863项目为链条,研发服务为导向,在临床医学信息管理系统、样本库建设、新药研发企业信息管理系统建设等方面,取得显著的研发进展,大幅度提高了中心的服务和技术开发能力,在新药研发企业信息管理系统开发方面获得重大突破,形成市场化的产品,为中心这一块服务内容的今后的市场化运作奠定基础。

       随着基因组学技术的发展,中心建立了新一代测序技术平台,包含Roche 454, Illumina HiSeq 2000/2500,Illumina MiSeq,ABI Ion PGM等测序系统,能够开展新基因组测序(de novo sequencing)、基因组重测序(re-sequencing)、靶向测序(targeted sequencing)、甲基化测序(Methyl-Seq)、转录因子结合位点测序(ChIP-Seq)、全转录组测序(RNA-Seq)、miRNA测序(miRNA-Seq)等实验和数据分析。中心在系统建模、定量组学数据获取、分析、数据整合及其相互作用网络分析技术平台建设方面已经有了很多重要的研究成果。在蛋白质组学研究、细胞信号转导研究等多个领域研究达到了国际先进水平,在系统生物学和生物信息学研究方面也取得国内外瞩目的研究成果。